Jepang dan Indonesia telah lama menjalin kerja sama dalam bidang ekonomi.Indonesia merupakan eksportir terbesar ke-7 ke Jepang.Posisi pertama China,AS,Australia,Arab Saudi,UEA,dan Korea.Sementara itu,Jepang merupakan investor asing terbesar di Indonesia.Sekitar 1000 perusahaan Jepang beroperasi di Indonesia dengan memperkerjakan 32.000 pekerja Indonesia (BKPM,2012).Jumlah tersebut merupakan yang terbesar dibandingkan dengan jumlah pekerja Indonesia di negara lainnya.
Ekspor Indonesia ke Jepang umumnya berupa bahan baku industri dan sumber energi.Beberapa komoditas dari Indonesia yang diekspor ke Jepang di antarannya adalah gas alam cair,minyak,batu bara,tekstil,udang,pulp,dan mesin.Indonesia mengimpor komoditas dari Jepang diantarannya berupa mesin0mesin dan suku cadang,baja,perlengkapan listrik,plastik dan kimia,alat transportasi,suku cadang mobi,dan elektronik.Untuk mendorong perdagangan dan investasi,pemerintah kedua negara menandatangani persetujuan yang disebut Economic Partnership Agreement (EPA).
Hubungan politik Indonesia dan Jepang telah berlangsung lama.Jepang pernah menjajah Indonesia pada tahun 1942-1945.Setelah itu,kedua negara sibuk memperbaiki keadaan akibat perang.Hubungan kedua negara terjalin lagi secara resmi pada tahun 1958 melalui penandatanganan perjanjian damai Indonesia dan Jepang.Hubungan kedua negara berjalan lancar dan harmonis karena kedua negara menyadari besarnya potensi keuntungan yang bisa diperoleh kedua negara karena hubungan tersebut.Jepang melihat posisi strategis hubungan dengan Indonesia dan negara di Asia Tenggara lainnya.Beberapa keuntungan tsb adalah seperti ini.
- Jaminan keamanan lalu lintas ekspor Jepang ke negara lain.
- Posisi negara lepas pantai terhadap negara daratan.
- Sumber bahan mentah dan energu bagi industri Jepang
- Daerah pemasaran berbagai hasil produksi Jepang.
Peran penting Jepang bagi Indonesia tidak hanya sebatas ekonomi,tetapi juga pendidikan.Jumlah mahasiswa Indonesia di Jepang mencapai sekitar 3000 orang.Jepang juga membantu Indonesia dalam pengembangan infrastruktur dan bantuan yang sifatnya sosial seperti bantuan korban bencana alam.