Persebaran Flora di Indonesia terbentuk karena adanya peristiwa geologis yang terjadi pada jutaan tahun yang lalu, yaitu terjadi pada zaman glasial (masa pencairan es). Pada saat itu terjadi pencairan es secara besar-besaran yang menyebabkan terjadinya naiknya permukaan air laut di bumi. Hal ini menyebabkan beberapa wilayah yang dangkal kemudian menjadi tenggelam oleh air laut dan membentuk wilayah perairan yang baru.
Beberapa wilayah perairan baru disekitar Indonesia terbentuk pada masa berakhirnya zaman glasial itu adalah Laut Jawa yang terdapat di daerah Dangkalan Sunda dan Laut Arafuru di Dangkalan Sahul. Terbentuknya perairan baru di daerah dangkalan tersebut menyebabkan flora yang awalnya dapat dengan bebas berimigrasi akhirnya terhambat oleh perubahan kondisi geologis itu.
Jenis tumbuhan yang tersebar di wilayah Indonesia meliputi hutan tropis, hutan musim, hutan pegunungan, hutan bakau, dan sabana tropis. Persebaran flora di wilayah Indonesia itu sendiri terbagi ke dalam empat kelompok besar wilayah flora Indonesia, diantaranya sebagai berikut.
1. Wilayah Flora Jawa Bali
Tersebar di Pulau Jawa, Bali, Madura dan kepulauan-kepulauan kecil di sekitarnya, misalnya kepulauan Seribu, kepulauan Karimunjawa).Contoh flora khas yang tumbuh yaitu pohon burohal (kepel).
 |
| Pohon Kepel |
2. Wilayah Flora Sumatra-Kalimantan
Tersebar di Pulau Sumatra dan Kalimantan serta pulau-pulau kecil di sekitarnya, misalnya Pulau Nias, Bangka, Belitng, Enggano, Kepulauan Riau, Natuna, Buton, Batam dan lain-lain. Contoh flora khas yang tumbuh yaitu bunga bangkai (Rafflesia arnoldii)
 |
| Bunga Rafflesia arnoldi |
3. Wilayah Flora Papua
Yaitu meliputi Pulau Papua dan pulau-pulau kecil disekitarnya. Contoh flora khas yang tumbuh yaitu eucalyptus, sama dengan jenis tumbuhan yang tumbuh di daerah Queensland Australia Utara.
 |
| Eucalyptus |
4. Wilayah Flora Kepulauan Wallace
Yaitu tersebar di Pulau Sulawesi, Timor, Kepulauan Maluku, dan Nusa Tenggara. Contoh flora yang tumbuh yaitu pohon Sagu.
 |
| Pohon Sagu |
Tumbuh-tumbuhan yang hidup di suatu tempat ada yang tumbuh secara alami dan ada juga yang dibudidayakan oleh manusia. Flora atau dunia tumbuhan diberbagai tempat di dunia pasti berbeda-beda. Hal ini dipengaruhi oleh beberapa faktor antara lain iklim, jenis tanah, relief atau tinggi rendah permukaan bumi, dan biotik.
Adanya faktor-faktor diatas, Indonesia memiliki keanekaragaman jenis tumbuhan. Iklim memiliki pengaruh yang sangat besar terutama suhu udara dan curah hujan. Daerah yang curah hujannya tinggi memiliki hutan yang lebat dan jenis tanaman yang bervariasi, misalnya di Pulau Sumatra dan Kalimantan.
Adapun daerah yang curah hujannya relatif tidak memiliki hutan yang lebat seperti di Nusa Tenggara. Daerah ini banyak ditumbuhi semak belukar dengan padang rumput yang luas. Suhu udara juga mempengaruhi tanaman yang dapat hidupp di suatu tempat. Junghuhn telah membuat pembatan wilayah tumbuh-tumbuhan di Indonesia, diantaranya sebagai berikut.
- Daerah panas (0-650 m), tumbuhan yang cocok yaitu kelapa, jagung, padi, tebu, dan karet.
- Daerah sedang (650-1500) m), tumbuhan yang cocok yaitu kopi, teh, tembakau, dan sayuran.
- Daerah sejuk (1500-2500 m), tumbuhan yang cocok yaitu teh, kina, pinus, dan sayuran.
- Daerah dingin (lebih dari 2500 m), tidak ada tumbuhan yang dibudidaya.
